人間キノとしゃべる二輪車エルメスの不思議な旅を綴る時雨沢恵一の人気ライトノベルの劇場版アニメ第2弾。科学が発達した国を訪れたキノとエルメス。安定した環境の巨大ドームの中で暮らしている国民たちは、ドームの外に存在し、選ばれたエリートだけが住むことを許される“開拓地”に強い憧れを抱いていた。厳重な消毒を受けてドームの中へ足を踏み入れたキノとエルメスは、そこでイナーシャという名の少女と出会う。